2个银叶真藓HSP70序列的生物信息学相关分析

摘要：

从银叶真藓（Bryum argenteum）转录组数据库出发，使用Pfam数据库提供的HMM模型共得到33条长度大于200aa，注释的热休克蛋白BaHSP70；其中2条（BaHSP70?1， BaHSP70?2）具有完整ORF，NCBI核酸数据库登录号为KP087877和KP087878。使用生物信息学在线分析工具和软件，对真藓HSP70的两条蛋白质序列从氨基酸组成、保守结构域、理化性质、疏水性／亲水性、信号肽、蛋白质结构、模体的识别及同源性分析等方面进行了预测和分析。结果表明：2条BaHSP70s基因序列ORF全长分别为2396 bp和2356 bp，分别编码649aa和650aa。序列模体分析表明BaHSP70s和其它报道的植物HSP70均含有4个相同的模体，并且各模体在蛋白质序列上顺序一致。通过对2条BaHSP70s进行氨基酸多序列比对及基因树分析，发现BaHSP70?1和BaHSP70?2雪莲相似度最高，分别是91．2％和86．6％。本研究为进一步研究HSP70基因的克隆和功能验证奠定了基础。

关键词：真藓、热激蛋白70、RNA-Seq、生物信息学

分类号：Q811.4(生物工程学(生物技术))

资助基金：NSFC－新疆青年人才联合项目 U1403302。

在线出版日期：2015-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

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