枯草芽孢杆菌同义密码子使用偏性对蛋白质折叠速率的影响

摘要：

目前，有关同义密码子使用偏性对蛋白质折叠的影响研究中，样本蛋白均来源于不同的物种。考虑到同义密码子使用偏性的物种差异性，选取枯草杆菌的核蛋白为研究对象。首先，将每条核蛋白按二级结构截取为α螺旋片段、β折叠片段和无规卷曲（α－β混合）片段，并计算其蛋白质折叠速率。然后，整理每个片段相应的核酸序列信息，计算其同义密码子使用度。在此基础上，分析枯草芽孢杆菌核蛋白的同义密码子使用偏性与蛋白质折叠速率的相关性。发现对于不同二级结构的肽链片段，都有部分密码子的使用偏性与其对应的肽链折叠速率显著相关。进一步分析发现，与肽链片段折叠速率显著相关的密码子绝大部分为枯草杆菌全序列或核蛋白序列的每一组同义密码子中使用度最高的密码子。结果表明，在蛋白质的折叠过程中，枯草芽孢杆菌的同义密码子使用偏性起着重要作用。

关键词：枯草芽孢杆菌、同义密码子、蛋白质折叠速率、使用偏性

分类号：Q-3(生物科学的研究方法与技术)

资助基金：内蒙古自治区自然科学基金2012MS0115；内蒙古自治区研究生教育创新计划S20141013523；内蒙古师范大学研究生科研创新基金 CXJJS14061资助。

在线出版日期：2015-01-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：292-299