齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析

摘要：

从齿肋赤藓转录组数据库出发,共得到39条注释的早期光诱导蛋白ScELIPs unigene,其中2条( ScELIP1与ScELIP2)具有完整ORF。利用多种生物信息学分析工具,对这2条ScELIPs序列的同源性、理化性质、保守域、信号肽、疏水性、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构、三维结构、活性位点等方面进行分析。结果表明：2条ScELIPs 序列的ORF全长分别为711 bp和624 bp,分别编码236和207个氨基酸,二者都具有完整的Chloroa_b-bind功能域,定位于叶绿体类囊体膜,含有3个跨膜α螺旋,第1、3螺旋通过Glu和Arg残基形成双重对称结构,且具有至少4个叶绿素结合活性位点。通过对得到的2条ScELIPs进行氨基酸序列比对及基因树分析,得出ScELIP1与小立碗藓、山墙藓及盐生杜氏藻聚为一支,而ScELIP2与高等植物聚为一支,表现出ELIP从低等到高等植物的进化特征。本研究为ScELIPs基因后续的克隆和功能研究奠定了基础。

关键词：早期光诱导蛋白、生物信息学、齿肋赤藓

分类号：Q-3(生物科学的研究方法与技术)

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划No.2014CB954203资助。

在线出版日期：2015-01-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：233-241