新型图形硬件支持下的动态规划局部比对算法加速研究

摘要：

为探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列局部比对方法。将点阵图算法、启发式算法等各种序列局部比对算法中准确性最高的动态规划局部比对算法在计算机中实现，并通过流式模型将其映射到图形硬件上以实现算法加速，再通过实例比对搜索数据库完成比对时间和每秒百万次格点更新（ MCUPS）性能值评测。结果表明，该加速算法在保证比对准确性的同时，能显著提升比对速度。与目前最快的启发式算法相比，比对平均加速为14．5倍，最高加速可达22．9倍。

关键词：生物分子、序列局部比对、动态规划局部比对算法、图形硬件

分类号：Q-332;R318(生物科学的研究方法与技术)

资助基金：浙江省医药卫生科技计划项目2013KYA137；浙江省自然科学基金项目LY13H020007；浙江省中医药科学研究基金计划2011ZB027资助。

在线出版日期：2014-09-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：179-184