α／β类蛋白质折叠类型的分类方法研究

摘要：

蛋白质折叠规律的研究是生命科学重大前沿课题之一，折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。本文基于LIFCA数据库，选取样本量大于2的55种α／β类蛋白质折叠类型为研究对象。结合蛋白质折叠类型的定义及其保守拓扑结构特征，确定了55种蛋白质折叠类型的模板及其对应的特征参数。建立了基于模板的打分函数Mul-Fscore，并结合二级结构参数信息，给出了55种α／β类蛋白质折叠类型的多模板分类方法。用此方法对LIFAC数据库中的931个样本进行检验，分类结果的平均特异性、平均敏感性、MCC值分别为99．58％、79．47％、79．39％。与TM-score分类结果对比发现，Mul-Fscore分类的敏感性与MCC值好于TM-score的相应结果，平均特异性相近。

关键词：α/β类蛋白质、折叠类型分类、打分函数、LIFCA数据库

分类号：Q518.2(蛋白质)

资助基金：北京自然科技基金4112010资助。

在线出版日期：2014-08-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：123-132