基于压缩氨基酸和支持向量机进行膜蛋白类型识别

摘要：

膜蛋白是一类结构独特的蛋白质,是细胞执行各种功能的物质基础.根据其在细胞膜上的不同存在方式,主要分为六种类型.本文利用压缩的氨基酸对原始膜蛋白序列进行信息压缩,再对压缩序列进行氨基酸组成和顺序特征的提取,最后采用支持向量机构建分类模型.通过五叠交叉验证的结果表明,该方法对于六种膜蛋白的分类预测,准确度最高可达98％以上,平均预测准确度在85％以上,可有效实现膜蛋白六种类型的划分,为进一步分析膜蛋白的结构和功能奠定基础.

关键词：膜蛋白、压缩氨基酸、支持向量机

所属期刊栏目：11

分类号：R978.1+6(药品)

资助基金：宁夏大学自然科学基金ZR1124

在线出版日期：2014-02-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：271-274