基于k-mer组分信息的系统发生树构建方法

摘要：

随着越来越多基因组的测序完成,基于全基因组的非比对的系统发生分析已成为研究热点.不同的生物物种或个体基因组之间的核酸组分不完全相同.遗传语言-DNA序列的信息很大程度上反映在其k-mer频数中.基于基因组序列k-mer频数的系统发生树则从新的角度为我们提供物种之间的亲缘关系.本文定义基于k-mer频数的信息参数,并用它表征基因组序列,计算不同基因组之间信息参数的距离,用邻接法对84个病毒构建了系统发生树,发现构建的系统发生树很大程度 上与已有的系统发生树相吻合.

关键词：系统发生树、k-mer频数、距离矩阵

所属期刊栏目：11

分类号：Q61(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金61102162;内蒙古自治区高等学校科学研究项目NJ10098;内蒙古科技大学创新基金2009NC005

在线出版日期：2013-10-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：100-104