基于序列疏水值震荡的折叠速率预测

摘要：

蛋白质折叠速率的正确预测对理解蛋白质的折叠机理非常重要.本文从伪氨基酸组成的方法出发,提出利用序列疏水值震荡的方法来提取蛋白质氨基酸的序列顺序信息,建立线性回归模进行折叠速率预测.该方法不需要蛋白质的任何二级结构、三级结构信息或结构类信息,可直接从序列对蛋白质折叠速率进行预测.对含有62个蛋白质的数据集,经过Jack-knife交互检验验证,相关系数达到0.804,表示折叠速率预测值与实验值有很好的相关性,说明了氨基酸序列信息对蛋白质折叠速率影响重要.同其他方法相比,本文的方法具有计算简单,输入参数少等特点.

关键词：蛋白质折叠、折叠速率、疏水值震荡、伪氨基酸组成、回归分析

所属期刊栏目：11

分类号：Q612(理论生物物理学)

资助基金：陕两省教育厅专项科研计划项目:基于图论模型的蛋白质结构预测问题的研究2010JK596

在线出版日期：2013-10-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：86-90