Profile-profile比对方法用于发现远距离同源模板

摘要：

基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法,该类方法的成功与否对模板质量的要求较高.为待预测序列找寻合适的模板,本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据比对结果的Z-score得分高低顺序挑选出合适的模板.结果表明:本文的profile-profile比对方法在测试集上的性能明显优于PSI-BLAST,相比PSI-BLAST在测试集上的准确度提高了约14.3％,配对t检验的结果表明准确度的提高具有统计显著性.从而得出如下结论:本文的profile-profile比对方法可以用于为序列相似性较低的待预测序列搜索远距离同源模板,并用于指导后续的三级结构预测.

关键词：profile-profile比对、结构预测、远距离同源模板、PSI-BLAST

所属期刊栏目：11

分类号：Q343.1+5(遗传学分支学科)

在线出版日期：2013-07-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：16-21