甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的电子克隆与分析

摘要：

以高粱β-1,3 -葡聚糖酶基因(β-1,3- glucanase gene)cDNA序列为探针,搜索甘蔗EST数据库,而后通过电子克隆技术,拼接获得甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因ScBG.采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、卷曲螺旋、亚细胞定位、信号肽、功能域及高级结构等方面进行了预测和分析.结果表明:ScBG基因全长1 270 bp,包含一个长达1 011 bp的完整开放读码框(open reading frame,ORF),编码336个氨基酸,分子量为34.8 KD,理论等电点为4.98.该蛋白质很可能是胞外定位的诱导物释放型酸性葡聚糖酶,是一种稳定的分泌蛋白,且可信度达最高等级1.该蛋白属于糖苷水解酶第17家族,含有N端信号肽,在第7 ～ 29位氨基酸处含有跨膜信号区,在第31～321位氨基酸处含有糖苷水解酶17家族结构域,含2个主要的功能结构域.10个物种ScBG蛋白氨基酸序列的同源性分析表明,甘蔗ScBG基因编码蛋白与高粱β-1,3-葡聚糖酶基因的编码蛋白的同源性最高,达79.82％.以上研究结果为ScBG基因下一步的分子克隆、功能鉴定和应用提供基础.

关键词：甘蔗、β-1、3-葡聚糖酶、电子克隆、生物信息学

所属期刊栏目：10

分类号：Q785(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金项目31101196;现代农业产业技术体系建设专项资金项目CARS-20

在线出版日期：2012-11-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：199-207