水稻胚乳特异表达基因的挖掘及顺式元件分析

摘要：

本研究旨在利用计算机方法对水稻胚乳特异性表达基因进行挖掘和功能分析,及特异性顺式调控元件的预测.我们将基因在不同组织中的表达信号谱看作多维空间内的向量,利用向量夹角余弦法计算其与理想状态下该基因在某一组织特异表达向量的相似度,以此来判断组织特异性表达基因.本文通过对水稻芯片数据的大规模分析,共挖掘出了127个在永稻胚乳中特异表达基因.并对其启动子进行顺式元件预测,发现两个与胚乳特异表达相关的顺式调控元件,其保守序列分别为CATGCATSCM和GATCGATCGR.与已知功能的顺式元件比较显示,前者为种子特异基因表达相关的RY repeat元件,而后者则与元件RNFG1相似,但其具体功能尚不明确.

关键词：组织特异基因、胚乳、顺式作用元件、向量夹角余弦

所属期刊栏目：10

分类号：Q343.1+5(遗传学分支学科)

资助基金：上海市基础研究重大项目09DJ1400504

在线出版日期：2012-11-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：183-189