稻瘟菌Magnaporthe oryzae P-ATPases基因家族分析

摘要：

利用TCDB (Transporter Classification Database)网站数据库中的P- ATPases氨基酸序列对稻瘟菌全基因组表达序列( Coding Sequence,CDS)数据库进行搜索和分析,共发现23个P- ATPases基因,进化树分析表明这23个基因分属于4个家族和7个亚家族.构建了本地ESTs数据库,通过P-ATPases基因CDS序列与EST序列比对分析发现,在这些基因中有20个存在EST同源体,另外3个基因没有发现EST同源体,因此这20个基因是真实P-ATPases基因的可能性更高.运用MEME程序分析了这些P - ATPases蛋白结构域的基序,有6种基序在90％以上的基因氨基酸序列中出现,属保守基序.对这23个P - ATPases基因GC含量的分析表明,它们的平均GC含量在0.519 -0.628之间,稍高于稻瘟菌整个基因组GC平均含量(0.516),同时这些基因内各区段GC含量变化不大,没有明显的梯度变化.本文结果为下一步深入研究稻瘟菌中P- ATPases基因家族的功能奠定了基础.

关键词：稻瘟菌、P-ATPases基因、EST、GC含量

所属期刊栏目：10

分类号：Q51(蛋白质)

资助基金：江苏省国际合作项目BZ2011039;江苏省农业科技自主创新项目0610803-5,cx09109

在线出版日期：2012-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：15-19