基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究

摘要：

生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一.本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘.在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将其映射到图形硬件上,以实现算法加速.通过实例进行性能评测,结果表明该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度.

关键词：序列比对、动态规划算法、图形硬件

所属期刊栏目：9

分类号：Q332;R318(人工选择与自然选择)

资助基金：浙江省自然科学基金Y2080844;浙江省医药卫生科学研究基金2009B112;浙江省教育厅资助项目Y200906336

在线出版日期：2011-09-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：146-150,154