蛋白质折叠类型分类方法及分类数据库

摘要：

蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础.目前的蛋白质折叠类型分类基本上靠专家完成,不同的库分类并不相同,迫切需要一个建立在统一原理基础上的蛋白质折叠类型数据库.本文以ASTRAL-1.65数据库中序列同源性在25%以下、分辨率小于2.5的蛋白为基础,通过对蛋白质空间结构的观察及折叠类型特征的分析,提出以蛋白质折叠核心为中心、以蛋白质结构拓扑不变性为原则、以蛋白质折叠核心的规则结构片段组成、连接和空间排布为依据的蛋白质折叠类型分类方法,建立了低相似度蛋白质折叠分类数据库--LIFCA,包含259种蛋白质折叠类型.数据库的建立,将为进一步的蛋白质折叠建模及数据挖掘、蛋白质折叠识别、蛋白质折叠结构进化研究奠定基础.

关键词：蛋白质折叠、折叠类型分类、数据库、折叠核心、低相似度

所属期刊栏目：8

分类号：Q51(蛋白质)

资助基金：国家自然科学基金30570427;北京市自然科学基金4092008

在线出版日期：2010-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：245-247,253