HIV整合位点的生物信息学分析

摘要：

已有研究证明,HIV整合位点的选择, 与宿主基因组功能和染色体结构特性之间存在着紧密的联系,但是具体的选择机制还不明确.使用聚类分析、特征提取、分类分析等生物信息学方法,对HIV整合位点序列进行分析和研究,挖掘HIV整合位点序列之间的关系,探索HIV整合位点的选择规律.通过实验和计算,从HIV整合位点集合中提取出了含有6个特征向量的向量集,该向量集与大部分整合位点的特征向量具有较高的相关性,从而提示了HIV整合位点选择中的规律性,即符合向量集的宿主DNA序列可为HIV的整合位点.研究结果为进一步揭示HIV整合位点的选择机制提供了可供参考的依据.

关键词：HIV、整合位点、选择机制、聚类分析、特征提取

所属期刊栏目：8

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：广州市科技计划项目2006z1-10061

在线出版日期：2010-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：194-197