基于相对密码子频率的芜菁花叶病毒基因组序列的进化分析

摘要：

现有92株芜菁花叶病毒(TuMV)的全基因组序列已在GenBank报道,据分析报道其中58株不含重组序列.利用系统聚类法对92株TuMV的全基因组序列和58株TuMV全基因组序列的相对密码子频率RSCU值进行聚类分析.同时利用系统发育分析方法分析了这92株和58株TuMV全基因组序列.结果发现,92株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度很低;而不含重组序列的58株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度却非常高,且与寄生宿主类型基本对应.这表明在不存在重组的情况下,TuMV密码子频率的偏性可能是宿主内的一种选择压力,影响TuMV基因组的点突变进化方向,促使TuMV适应宿主内环境.

关键词：芜菁花叶病毒、密码子偏性、聚类

所属期刊栏目：8

分类号：Q51(蛋白质)

资助基金：国家"十一五"重大科技支撑计划"农林重大生物灾害防控技术研究"项目2006BAD08A13

在线出版日期：2010-07-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：142-146,149