DNA保守序列识别算法的并行化和MPI集群环境构建

摘要：

DNA序列中保守序列的识别需要较大的计算量.开发了一个转录因子结合位点识别的并行算法,能够从多条DNA序列中识别指定长度的序列模式.算法使用概率模型进行序列模式保守性的度量,利用迭代过程实现保守序列的搜索.使用C编程结合MPI消息传递模型开发了相应的程序,并在Windows平台下构建了一个3节点的集群环境,利用20个长度均为200的序列数据集进行测试,实现了模体识别工作,结果表明并行算法使模体识别的效率得到提高.

关键词：并行计算、模体识别、基因调控、转录因子结合位点

所属期刊栏目：7

分类号：Q52(核酸)

资助基金：国家自然科学基金60601017

在线出版日期：2009-11-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：190-192,201