利用支持向量机和马氏判别式预测人类polⅡ启动子

摘要：

通过选取人类启动子与非启动子序列中不同的k-mer作为预测算法的基础特征,分别以三个区域(-249～-1;0～+50;-30～+30)的6-mer频数作为离散源参数构建离散增量,同时选取24个位点(-31～-21;-4～+2;+25～+29)的3-mer频数作为位置打分函数的参数,分别利用支持向量机和马氏判别式为判别函数对启动子进行预测.用10折叠交叉检验来衡量两种算法的预测能力,预测结果成功率分别达到87.0%和87.9%.对于独立检验集,敏感性分别为62.7%和76.0%,特异性分别为77.5% 和66.8%.

关键词：polⅡ启动子、离散增量、位置打分函数、支持向量机、贝叶斯判别函数

所属期刊栏目：7

分类号：Q753(分子遗传学)

资助基金：电子科技大学优秀毕业生科研启动费,宝鸡文理学院硕士科研启动项目

在线出版日期：2009-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：117-119,127