柔嫩艾美尔球虫EST序列中SSR的获取及分析

摘要：

对柔嫩艾美尔球虫EST-SSR进行生物信息学分析,共获取Eimeria tenella EST序列34 074条,总长度为16.45Mb,小于12bp SSR的ESTs达7 651条,从中获得SSR序列19 576条、总长度为0.35Mb,EST-SSRs的频率是48.00%,平均相隔840bp出现一个长度不小于12bp的SSR.在E.tenella 的核苷酸重复基元中,2、3、4、5、6和7 bp重复序列在基因组中出现的种类分别有11种472条、49种14 710条、31种525条、13种25条、21种43条和15种400条,3碱基重复序列是最丰富的重复单元,占总数的75.14%.各种SSRs中富含G、C碱基的重复单元以GCA出现频率最多(28.63%),次为AGC(17.59%),GCT(8.76%),TGC(7.62%),CTG(7.15%).

关键词：柔嫩艾美尔球虫、表达序列标签、简单重复序列或微卫星

所属期刊栏目：7

分类号：Q956(动物学)

在线出版日期：2009-05-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：9-12