基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用

摘要：

利用Phred/Phrap/Consed、cross.match、RepeatMasker、Blast等软件和自主开发程序,基于Linux操作系统,构建了林木EST序列分析系统,完成了从测序峰图向核酸序列的转化、栽体序列的去除、重复序列鉴定、EST序列分类和组装、EST序列功能注释与功能分类以及SSR、SNP的发掘.并通过使用Perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批林木EST数据进行分析,为林木的功能基因组学研究提供有用的信息.

关键词：林木、EST、Perl、分析系统、生物信息学

所属期刊栏目：5

分类号：Q811(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划TC1999016004

在线出版日期：2007-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：74-77