生物序列局部联配中的马赛克问题的一种解决方法

摘要：

生物信息学中,SmithWaterman算法用于同源长序列的局部联配时,经常会出现马赛克问题(相似度很低的保守区域夹在两个相似度很高的区域中间).在分析问题成因的基础上,提出利用动态加速扣分策略解决马赛克问题,即在计算得分矩阵的过程中,如果存在保守区域,则加大扣分的力度,争取在离开保守区域前让得分为0,从而将保守区域切断.实验结果表明,动态加速扣分策略顺利解决了序列局部联配中的马赛克问题,并且没有显著增加算法的时间复杂度和空间复杂度.

关键词：生物序列联配、Smith Waterman算法、马赛克问题、动态加速扣分策略

所属期刊栏目：4

分类号：TP399(计算技术、计算机技术)

资助基金：电子科学基金51415010101DZ02

在线出版日期：2006-10-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：117-120