序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用

摘要：

随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制.为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息.采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节.通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务.

关键词：转录组、序列比对、Blat、Blast、Sim4

所属期刊栏目：3

分类号：Q754(分子遗传学)

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划2003CB715900;国家高技术研究发展计划863计划2002AA234021;国家海外青年学者合作研究基金30128010;国家自然科学基金90208017;国家重点实验室基金51484050304JB4401

在线出版日期：2005-07-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：85-88