基于马尔可夫链的基因芯片特异性探针选择方法

摘要：

对于基因表达芯片,特异性探针的选择是探针设计的重要环节,由于基因组序列数据量极大,不可能对每个候选探针都在全序列中进行特异性评价并进行取舍.对此问题,提出了一种采用马尔可夫链概率准则的探针特异性选择方法,即把基因组序列看作马尔可夫链,任何探针序列的互补序列作为它的一个子序列,都具有一定的出现概率,概率越小,越可能具有特异性.据此,选择其中概率最小的N个候选探针,能够大大减少进行特异性评价的探针数量,缩短探针设计的计算时间.对实际数据的测试结果表明,该方法选择的探针具有很高的特异性.

关键词：基因芯片、探针设计、马尔可夫链

所属期刊栏目：3

分类号：TP392;Q332(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2005-07-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：77-80