多序列渐进式比对算法研究与比较

摘要：

多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用.以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序.但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果.本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价.

关键词：生物信息学、多序列比对、渐进式比对、BAliBASE

所属期刊栏目：3

分类号：Q811.4(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划2004CB518901;国家自然科学基金10272030

在线出版日期：2005-07-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：73-76