根据GO分类体系选择与实验条件相关的差异表达功能结点进行基因功能深化预测

摘要：

利用有限个实验条件下的基因表达谱数据,只能对与实验条件相关的基因功能类进行有效预测,所以有必要限定可预测的基因功能类范围.据此,首先基于Gene Ontology(GO)选择富集差异表达基因与实验条件相关的功能类.再通过支持向量机分类器,深化预测迄今只注释到实验条件相关功能类的父结点的基因是否属于该实验条件相关功能类.应用于一套酵母基因表达谱数据,结果显示,在剔除了高度不平衡的训练集合后,平均真阳性率(precision)与平均覆盖率(recall)都分别达到了71%与47%以上.

关键词：基因芯片、基因表达、基因功能预测、Gene Ontology、支持向量机

所属期刊栏目：3

分类号：Q786(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金30370798,30170515,30370388;国家高技术研究发展计划863计划2003AA2Z2051,2002AA2Z2052;黑龙江省科技攻关项目GBO3C602-4;黑龙江省哈尔滨市科技攻关项目2003AA3CS113;黑龙江省自然科学基金FO177;国家"211"工程建设项目

在线出版日期：2005-07-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：49-52