基于碱基三周期性研究P53家族基因的特征

摘要：

为了进一步研究P53抑癌基因的性质,采用信号处理和分析的方法,在Voss数值映射下,利用离散傅里叶变换,结合出现最大功率谱位置的频率与1/3的差值(d)及信噪比(R)两个指标,来讨论P53家族基因的碱基三周期性.选取人类P53家族(P53、P63和P73)DNA序列及家鼠P53家族DNA序列的外显子,讨论了其三周期性与外显子长度、碱基成分及碱基分布的关系,在三周期性的前提下分析了P53基因密码子的偏好性.结果表明:P53家族基因的短外显子(N＜100)碱基三周期性不显著,P53家族基因的较长外显子(100≤N＜ 1000)碱基三周期性较显著；具有三周期性的外显子GC、GC3含量较高,且GC含量和功率谱峰值显著相关,说明三周期性与碱基成分及分布相关；具有三周期性的外显子频谱最大值处为G或C的可能性高,且GC3含量高,R值与最优密码子使用频率正相关,说明功率谱峰值与P53家族基因密码子偏好性具有相关性.该研究结果对P53家族基因的进一步研究具有重要的理论和现实意义.

关键词：碱基三周期性、功率谱、信噪比、P53家族基因、偏好性

所属期刊栏目：29

分类号：Q617;O29(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金项目11271163;中央高校基本科研业务费专项资金项目JUSRP51317B;grants from the National Natural Science Foundation of China11271163;the Fundamental Research Funds for the Central UniversitiesJUSRP51317B

在线出版日期：2013-08-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：296-309