引入显式水分子对接提高蛋白质配体复合物结构的预测精度

摘要：

在蛋白质复合物界面一般都会存在着一定量的水分子,这些水分子通过空间占据和氢键方式影响蛋白质与配体的位置关系.应用现有的计算机方法研究蛋白质-配体对接对,一般不会显式地考虑水分子的作用.本文显式地将水分子引入蛋白质-配体对接过程,考虑水分子空间占据和氢键能量对复合物对接结构的影响,提出了一种包含水分子的蛋白质-配体对接算法.实验结果表明引入水分子使蛋白质-配体对接质量有明显提高.

关键词：水分子、空间占据、氢键、蛋白质-配体对接

所属期刊栏目：28

分类号：Q61(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金项目60970055,61170125

在线出版日期：2013-02-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共16页

页码：983-997,1022