Signal-LMS:一种局部序列匹配相似度预测信号肽的方法

摘要：

信号肽预测是蛋白质功能预测中最重要的问题之一.为了避免使用滑动窗口造成的样本不平衡等问题,序列比对方法被有效地运用到了信号肽预测中.考虑到信号肽是蛋白质序列局部片段所体现的生物特性,本文提出一种局部序列匹配相似度的方法来预测信号肽,在采用氨基酸相对疏水性编码方案的基础上,搜索蛋白质局部匹配子序列,根据替换矩阵BLOSUM62来度量两个蛋白质的相似性,最后采用k最近邻思想进行分类.在目前广泛使用的SwissProt数据集上进行实验,结果表明该方法具有一定的高预测率.

关键词：信号肽、氨基酸疏水性、局部序列匹配、k最近邻

所属期刊栏目：28

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金;国家科技重大专项

在线出版日期：2012-10-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：499-508