基于Z曲线方法重新注释脑膜炎奈瑟菌MC58株基因组

摘要：

已测序的微生物基因组中包含的注释开放阅读框(open reading frames,ORFs)可以分为两大类:第一类对应于功能已知的蛋白质编码基因;第二类则为功能未知的假设ORFs,其中通常有一部分实际上不编码蛋白质.采用基于Z曲线的方法从属于第一类的功能已知基因出发训练参数,进而确定第二类ORFs中非编码的部分.通过支持向量机的学习及分类,结果显示十重交叉检验平均正确率为98.45%,说明Z曲线联合支持向量机是一种高度准确的基因识别方法.最终,确定216个假设ORFs实际上不编码蛋白质.通过采用Blastp进行序列比对,保留的假设ORFs中有341个在高可靠性的条件下获得了功能信息.根据蛋白质直系同源簇方法进行功能分类,分别有30、53、59和159个新注释的假设ORFs属于信息储存和加工类、细胞加工和信号传递类、新陈代谢类和特征不明显类.另外还有70个不属于其中的任何一类.注释结果比RefSeq及GenBank提供的原注释更加准确,更加完整.

关键词：脑膜炎奈瑟菌MC58株、基因组重注释、21变量Z曲线、支持向量机

所属期刊栏目：27

分类号：Q612(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金;中央高校基本科研业务费专项

在线出版日期：2011-08-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：545-554