多样性增量结合支持向量机方法预测酵母核小体定位

摘要：

作为目前遗传学热点领域表观遗传学的重要研究课题,核小体定位参与多种生物学过程并起着非常关键的作用,因此用理论方法预测核小体定位具有重要的生物学意义.该工作以酵母基因组为研究对象,根据其核心DNA与连接DNA序列的组分特征差异,分别统计其核苷酸K联体出现的频数,计算其多样性增量,并以此为特征值输入支持向量机构建模型.对酵母核小体核心DNA和连接DNA序列进行分类预测,整体准确率和相关系数分别达到93.10%和0.862.此方法在人类和果蝇的核小体核心DNA和连接DNA序列分类预测中也取得了较为理想的效果.将模型用于预测核小体在基因组上的位置取得初步成功.

关键词：核小体定位、多样性增量、支持向量机

所属期刊栏目：26

分类号：Q34(遗传学分支学科)

资助基金：国家自然科学基金;内蒙古科技大学创新基金

在线出版日期：2010-07-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：421-428