蛋白质-核酸复合物界面氨基酸与核苷酸偏好性分析

摘要：

蛋白质-核酸相互作用机制到目前还不是很清楚,尤其是蛋白质与RNA的相互作用.目前,可得到的蛋白质-核酸复合物结构数据不断增多,作者收集了Protein Data Bank数据库中所有的蛋白质-核酸复合物结构数据,对复合物中结合残基和结合核苷酸的偏好性进行了统计分析.发现:1)不同功能的蛋白质-核酸复合物间的结合残基数量存在显著差异;2)在蛋白质-DNA和蛋白质-RNA复合物界面,碱性氨基酸都是最受欢迎的;3)氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与RNA分子进行结合时起到重要的作用,同时发现氨基酸侧链形成的空间位阻会影响氨基酸残基与RNA分子的相互作用;4)随着定义结合残基距离阈值的增大,其氨基酸使用的特异性降低,而受欢迎与不受欢迎的氨基酸种类均没有变化.

关键词：蛋白质-核酸复合物界面、结合残基、结合偏好性、氨基酸极性

所属期刊栏目：26

分类号：Q527.2(核酸)

资助基金：国家自然科学基金;南京邮电大学科研启动基金

在线出版日期：2010-05-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：234-244