拟南芥基因组中新的microRNA预测及分析

摘要：

MicroRNA(miRNA)是一类存在于动植物体内,长度为21～25nt的内源性小RNA,对生物体的转录后基因调控起着关键作用,但一些低丰度的miRNA和组织特异性miRNA往往很难发现.为了系统识别拟南芥基因组中新的非同源miRNA,首先基于已报道的拟南芥miRNA的特征,从全基因组范围中筛选出453条可能的miRNA前体:其次,为了进一步对上述miRNA前体进行筛选,利用人的miRNA前体数据构建了支持向量机模型GenomicSVM,该模型对人测试集的敏感性和特异性分别为86.3%和98.1%(30个人miRNA前体和1 000个阴性miRNA前体),对拟南芥测试集的正确率为93.6%(78个miRNA前体);最后,利用GenomicSVM预测上述453条miRNA前体序列,得到了37条候选的新的拟南芥miRNA前体,为进一步的miRNA实验发现研究提供了指导.

关键词：拟南芥、基因组、microRNA、预测

所属期刊栏目：23

分类号：Q74(生物小分子的结构和功能)

资助基金：国家自然科学基金30470411;30500105

在线出版日期：2007-11-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：389-396