基于离散增量结合支持向量机方法的凋亡蛋白亚细胞位置预测

摘要：

根据凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点,基于局部氨基酸序列的n肽组分和序列的亲疏水性分布信息,采用离散增量结合支持向量机(ID_SVM)算法,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测.结果表明,在Re-substitution检验和Jackknife检验下,ID_SVM算法的总体预测成功率分别达到了94.6%和84.2%;在5-fold检验和10-fold检验下,其总体预测成功率也都达到了83%以上.通过比较ID和ID_SVM两种方法的预测能力发现,结合了支持向量机的离散增量算法能够改进预测成功率,结果表明ID_SVM是预测凋亡蛋白亚细胞位置的一种很有效的方法.

关键词：凋亡蛋白、离散增量、支持向量机

所属期刊栏目：23

分类号：Q61(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金30560039;内蒙古自然科学基金200607010101;内蒙古优秀学科带头人项目

在线出版日期：2007-07-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：192-198