利用序列比较寻找胰岛素基因表达启动区与DNA结合蛋白的结合位点

摘要：

NDF1、IPF1和HNF4是与胰岛素基因表达有关的DNA结合蛋白,通过比较SWISSPROT蛋白质数据库中人类、小鼠、大鼠这三种核蛋白氨基酸一级序列、模体和结构域,发现其结构十分相似,根据蛋白质结构和功能的关系,推测这些DNA结合蛋白与胰岛素基因结合的核苷酸序列相似;从GenBank核酸数据库中获得人类、小鼠、大鼠胰岛素DNA序列,用ClustalW比较三者Promoter区的核苷酸序列,显示有一段核苷酸序列较为相似,同时搜索TRANSFAC基因转录数据库中NDF1、IPF1和HNF4蛋白核苷酸结合位点,发现核酸比对保守的部分序列与TRANSFAC数据库中这三个转录因子的DNA结合位点一致,另外一些核酸保守序列可能为其他未知DNA结合蛋白的结合位点.这种核酸序列比对设计为分子生物学实验寻找和验证胰岛素DNA结合蛋白与核苷酸的结合位点提供了简单而实用的方法.

关键词：DNA结合蛋白(DBP)、胰岛素基因启动区、模体和结构域、结合位点

所属期刊栏目：19

分类号：Q615(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金60121101;国家高技术研究发展计划863计划2002AA231071

在线出版日期：2003-11-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：161-166