分子对接的随机聚点搜索算法

摘要：

随机聚点搜索算法是一种普遍的全局极小化方法，在目标函数自变量数目不很大时，计算效率较高。将该算法应用于分子对接，首先要通过模型分子对接，反复调整算法各控制参数使效率最高。对于HIV－1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接，算法成功的找到了相互作用能量全局极小，与晶体结构的均方根偏差(RMSD)仅0.2?。这表明，该算法可高效率找到分子对接的能量最适构型。

关键词：随机聚点搜索算法、刚性分子对接、全局极小化

所属期刊栏目：17

分类号：Q617(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金39760027;内蒙古自然科学基金

在线出版日期：2004-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：181-186