蛋白质序列与EST序列的反翻译联配

摘要：

随着大规模测序技术的进步,收录到数据库中的序列增长很快,其中大多是未知功能的ESTs(表达序列标签,Expressed Sequence Tags).一般通过蛋白质-EST序列联配来实现EST的功能提示.由于EST含有5%左右的测序误差,特别严重的是其中的移框误差,用通常的方法将EST按6个阅框翻译为蛋白质序列再进行联配难以处理移框误差问题.通过考虑EST序列各种可能的测序误差,将氨基酸序列反翻译为核苷酸序列,在核酸水平直接进行序列联配,用以实现蛋白质与EST序列的精确匹配,并对EST序列的移框误差进行识别与校正.

关键词：测序误差、移框误差、反翻译、蛋白质-EST联配

所属期刊栏目：16

分类号：Q61(理论生物物理学)

资助基金：教育部科学技术研究项目39990600-03;国家人类基因组南方研究中心资助项目

在线出版日期：2004-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：322-333