数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响

摘要：

蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)是生命体结构和生命活动的基础和特征,控制着生命活动的各个过程.PPI网络是研究蛋白质相互作用的有效手段.随着高通量实验技术的发展,越来越多的PPI数据得以使用,收录蛋白质相互作用的数据库数据每年都有变化.本文对DIP数据库从2003年到2008年的PPI网络数据分别计算度分布.为提高可信度,对注释蛋白质数据库交集进行抽样,分别探讨对不同年份的数据和注释数据库抽样对PPI网络度分布的影响.结果表明,从2003年到2008年的数据增长对PPI网络度分布没有明显影响,而且拟合度分布最优的函数并不是以往所认为的幂率分布(power-law),而是广延指数(stretched exponential)函数,数据库交集抽样同样得到广延指数(stretched exponential)函数分布最优且可信度的高低并不影响PPI网络的度分布.

关键词：蛋白质-蛋白质相互作用、度分布、数据库交集、广延指数函数

所属期刊栏目：25

分类号：Q612(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金;国家高技术研究发展计划（863计划）;国家重点基础研究发展计划（973计划）

在线出版日期：2011-05-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：633-638