用系统进化树重建方法确定HCV基因分型的最佳区域

摘要：

从系统进化树重建原理出发,比较了HCV常用的几个基因分型区域的分型效果,包括5”UTR、core、E1、E2和NS5B区,探讨最能代替全基因组基因分型的区域.结果发现以5”UTR区建树,基因分型不完全正确而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异.计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区,NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较,结果发现NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株的演化关系.确定NS5B区为丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域.

关键词：系统进化树、HCV、基因分型、最佳区域

所属期刊栏目：25

分类号：O29(应用数学)

在线出版日期：2011-03-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：515-520