"基因电脑克隆"软件SiClone的并行优化研究与实现

摘要：

生物信息学中,发现、鉴别新基因是承上启下的一步,它既承接了过往如"基因组测序"的工作,又是未来"后基因时代"研究的基石."基因电脑克隆"是利用计算手段发现、鉴别新基因的方法,SiClone软件实现了"基因电脑克隆"功能.本文对SiClone软件操作的数据库提出并行处理方案,并详述了基于MPI(message passing interface)平台实现的并行优化版本PSiClone.根据已得到的EST数据库,展示了软件并行版PSiClone的运行性能,试验数据库EST序列条数仅仅是NCBI(The National Center for Biotechnology Information)dbEST庞大数据库的很小部分,这也暗示我们软件的并行工作对于大数据库的比较和运算将更有应用前景.

关键词："基因电脑克隆"、"后基因时代"、PSiClone、NCBI、dbEST、EST数据库

所属期刊栏目：21

分类号：TP311;TP338.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金60533020;国家自然科学基金60673064

在线出版日期：2007-01-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：619-626