立枯丝核菌AG-3全基因组分泌蛋白的预测分析

摘要：

[目的]预测、分析立枯丝核菌AG-3全基因组范围内的分泌蛋白,并明确其基本特征,筛选其效应蛋白.[方法]依据已经公布的立枯丝核菌AG-3全基因组数据库中的12 726个蛋白序列,利用信号肽预测软件SignalP-4.1,细胞器定位分析软件ProtComp 9.0,跨膜螺旋结构预测软件TMHMM 2.0,GPI-锚定位点预测软件big-PI Fungal Pre-dictor 和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP-1.1进行典型分泌蛋白的预测分析,并用LipoP-1.0进行信号肽切割位点的预测分析,最后对预测得到的分泌蛋白通过EffectorP进行效应蛋白的预测.[结果]在立枯丝核菌AG-3中有401个蛋白被预测为分泌蛋白,其编码蛋白长度集中于100～600 aa.信号肽长度介于11～35 aa之间,-3至-1位置上的氨基酸相对保守,切割位点为A-X-A类型,可被Sp Ⅰ型信号肽酶识别并切割.在预测得到的分泌蛋白中通过EffectorP筛选得到140个效应蛋白.[结论]通过全基因组预测得到401个具有典型分泌蛋白特征的蛋白,从预测的分泌蛋白中筛选得到140个效应蛋白.

关键词：立枯丝核菌、生物信息学、分泌蛋白、效应蛋白

所属期刊栏目：33

分类号：Q945.8(植物学)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;国家自然科学基金;云南省高校科技创新团队支持计划

在线出版日期：2023-05-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：187-190,195