肾纤维化关键基因的生信筛选及分析

摘要：

[目的]利用生物信息学技术筛选与肾纤维化相关基因,并预测与基因相关通路,疾病、细胞类型和有关药物.[方法]在公共基因芯片数据库(GEO)中获取与肾纤维化相关三个基因数据集,利用Venn图鉴定出共表达的差异基因,Metascape工具对差异基因进行功能(GO)和通路富集(KEGG)分析,还利用STRING构建蛋白相互作用网络(PPI)网络以及可视化工具Cytoscape筛选关键基因,最后用及Enrichr和Comparative Toxicogenomics Database(CTD)数据分析有关疾病、细胞类型和药物.[结果]与肾纤维化相关的数据集GSE148420、GSE38117、GSE54441经Venn图共得到83个DEGs.经Cytoscape对STRING工具得到的PPI网络可视化后,筛选出10个与肾纤维化相关的关键基因,分别是F13B、ALDH8A1、A1CF、PAH、KMO、ALDH6A1、SPP2、ACAT1、ABAT、CAT.GO 和 KEGG 富集显示这些基因与氧化还原酶活性,血小板致密颗粒,色氨酸、结氨酸、亮氨酸和异亮氨酸等氨基酸代谢通路有关.利用Enrichr和CTD对关键基因预测,显示与肾脏疾病和药物黄曲霉素B1存在一定关联.[结论]通过生物信息学分析筛选出10个与肾纤维化有关的关键基因,揭示与肾纤维化紧密联系的基因、通路、疾病、细胞类型和药物,从而为肾纤维化的早期诊断和治疗提供了相对可靠的生物标志物.

关键词：肾纤维化、关键基因、生物信息学、疾病、细胞类型、药物

所属期刊栏目：33

分类号：R692.9(泌尿科学（泌尿生殖系疾病）)

资助基金：黑龙江省科技厅面上项目;黑龙江省教育厅海外学人科研资助项目

在线出版日期：2023-05-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：169-175,186