DNA模板中发卡结构对定量PCR扩增的影响

摘要：

[目的]探究模板引物结合区发卡对定量PCR的影响及优化方法.[方法]用分布连接法构建一系列在模板引物结合区含环大小为5～ 60 nt,茎长9 bp的DNA模板,考察发卡环部大小、茎干区GC含量对qPCR扩增效率的影响,再针对引物浓度、引物长度及退火温度来优化含发卡结构DNA模板的扩增.[结果]环区为5～ 40 nt时,其Ct值比对照组高1.3 ～4.2,对qPCR的抑制作用与环大小成负相关;茎长9 bp发卡结构当GC含量达3 bp以上时会对定量扩增产生明显抑制作用;增加引物长度、提高引物浓度和退火温度可提高发卡模板的扩增效率.[结论]模板引物结合区环大小在40 nt以内,茎长达9 bp的发卡结构对qPCR扩增会产生抑制作用,通过增加引物长度、提高引物浓度和退火温度可缓解此类抑制.

关键词：定量PCR、发卡、环部大小、GC含量、扩增效率

所属期刊栏目：28

分类号：Q789(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金No.31571937

在线出版日期：2018-09-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：242-248