基于TAP分子亲和力模型预测MHC Ⅰ类分子提呈短肽的免疫原性
主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)Ⅰ类分子亲和力模型有助于筛选出候选短肽,为实验确定可以与MHCⅠ类分子形成复合物从而激活细胞毒性T细胞的短肽提供帮助;抗原处理相关转运体(transporter associated with antigen processing,TAP)分子亲和力模型也可用于筛选候选短肽;如何更好利用两类亲和力模型筛选出候选短肽、这两类亲和力模型对短肽选择性的异同以及这种选择性异同的生物学机制尚不清楚.本文重新整理了TAP亲和力测试集,使训练样本达到699个;使用核函数平衡矩阵算法建立的TAP亲和力模型预测精度高于同类算法,5折交叉检验Pearson相关系数0.89;结合HLA A3分子亲和力模型、TAP亲和力模型显著提高免疫原性短肽预测精度,AUC值从～0.82上升到0.87.提高的原因是两个亲和力模型对第2、9位置“最佳”氨基酸不同偏好性和这种不同偏好的互补性造成的.TAP分子与短肽模拟对接结果反映了这个结论.TAP亲和力可在线预测(http://www.bilologymaths.top/mbtwo/major.aspx).
免疫原性、细胞毒性T细胞、MHCⅠ类分子、抗原处理相关转运体、核函数平衡矩阵方法
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R34;R35;R392(人体生物化学、分子生物学)
国家自然科学基金;辽宁省自然科学基金;辽宁石油化工大学启动基金资助项目
2020-05-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共12页
157-168
