染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析

摘要：

染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF(CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.

关键词：染色质互作、转录因子、FP-growth、Hi-C

所属期刊栏目：46

分类号：Q5;Q7

资助基金：江苏省自然科学基金青年基金项目BK20161026;江苏省高校自然科学研究面上项目16KJB180022;南京医科大学科技发展基金重点项目2015NJMUZD003资助.This work was supported by grants from the Natural Science Foundation of Jiangsu ProvinceBK20161026;Natural Science Foundation of the Higher Education Institutions of Jiangsu Province16KJB180022;Science and Technology Development Foundation of Nanjing Medical University2015NJMUZD003

在线出版日期：2019-05-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：406-414