靶向Wnt1的miRNA与circRNA及其靶基因间相互作用的生物信息学分析

摘要：

为对靶向Wnt1的7种miRNAs进行circRNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circRNAs及靶基因间的相互作用,分别采用Starbase及miRWALK软件,对文献报道的靶向Wnt1基因的let-7e、miR-21、miR-34a、miR-122、miR-148a、miR-148b与miR-152等7种miRNAs的circRNAs和对应的靶基因进行生物信息学预测.利用Cytoscape 3.2.1对这7种miRNAs和预测所得到的circRNAs及对应的靶基因进行网络分析.并进一步对预测到的靶基因通过DAVID软件进行通路分析.Starbase软件对这7种不同miRNAs所预测的靶circRNAs的数量分别为58、15、41、20、28、28、28个.分别比较miRWALK中7～9个以上软件共有的miRNAs及其与靶基因的关系,发现CHD7基因是唯一一个在三种不同预测范围内与miR-21、miR-148a、miR-148b和miR-152等4种miRNAs相对应的靶基因.CNOT6、NBEA、ZFYVE26与ZDHHC 17是在两种不同预测范围内与至少4个miRNAs相对应的靶基因.在7种miRNAs所预测靶基因相关的KEGG信号通路中,7～9个软件以上共有的信号通路为Focal adhesion信号通路、MAPK信号通路、Notch信号通路与TGF-beta信号通路.在MAPK信号通路中DUSP1与MRPS35_ hsa circ.001042均分别是与miR-21、miR-148a、miR-148b及miR-152等4种miRNAs相互作用的靶基因与circRNA.本研究对靶向Wntl的miRNAs及其相互作用的circRNAs、靶基因与信号通路等进行了网络分析与预测,为进一步分析它们之间的相互作用奠定了基础.

关键词：Wnt1、miRNA、circRNA、相互作用、KEGG信号通路

所属期刊栏目：43

分类号：R749.4;Q78;S811.4

在线出版日期：2016-12-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1094-1101