基于扩展起始节点和加权融合策略预测肺癌风险致病基因
肺癌风险致病基因预测有助于了解疾病发病机制、提高临床治疗效果.目前,以重启游走为框架的风险致病基因预测算法,普遍存在起始节点少、节点转移概率相同、信息源单一的问题.为此,本文提出一种基于扩展起始节点和加权融合策略的风险致病基因预测算法(命名为AFMFSC),并在肺癌中验证算法有效性.首先,基于增广模糊测量思想,计算疾病表型近似基因间的增广功能相似得分,从中选出重要基因与致病基因作为扩展起始节点;其次,采用节点拓扑相似度转移矩阵及基因表达差异相关性转移矩阵,分别在蛋白质网络中重启随机游走,并将两种结果加权融合排序;最后,通过富集分析排名靠前基因,得到有显著意义的风险致病基因.AFMFSC算法预测的73个肺癌风险致病基因,均与肺癌发生、发展有密切联系,生物学意义显著.与其他排序算法相比,AFMFSC算法的Top 1％、Top 5％和AUC值比较大,平均排名和受拓扑特性偏差影响程度小;融合策略排名性能优于单一转移矩阵或普通邻接矩阵游走排名.AFMFSC算法不仅能准确有效地预测肺癌风险致病基因,而且可推广预测其他疾病风险致病基因,为探索癌症致病机理提供新视角及依据.
风险致病基因、扩展起始节点、拓扑相似度转移矩阵、基因表达差异相关性转移矩阵、重启随机游走
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国家自然科学基金91430111,61473232,61170134和国家自然科学基金青年基金61502396资助项目,互联网金融创新及监管四川省协同创新中心资助项目.This work was supported by grants from The National Natural Science Foundation of China 91430111,61473232,61170134,The National Natural Science Foundation of China Youth Fund Project 61502396,and the Internet Financial Innovation and Supervision of Collaborative Innovation Center in Sichuan Province.
2016-03-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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