一种基于MeSH主题词的临床-组学关系挖掘方法
癌症的发生发展与机体内基因的改变有密切联系,在临床上表现为症状或检测指标的异常.通过挖掘分析临床表现与基因改变之间的关系,可为癌症早期诊断和精准治疗提供临床决策支持.从文献数据出发,利用结论性数据挖掘基因与临床表现的关系具有重要意义.本文提出一种基于医学主题词(Medical Subject Headings,MeSH)的生物医学实体关系挖掘方法.该方法利用PubMed中提供的文献信息,借用向量空间模型思想,使用MeSH主题词矢量表达待研究实体,引入文献相互引用因素对结果进行修正,将关系挖掘转化为矢量间的数学运算,实现定量分析.本文将该方法应用于结直肠癌临床表现和基因关系的研究中,得到与结直肠癌相关的203个基因和对应的临床-基因462个关系.通过结合使用基因功能和通路分析工具g:Profiler和KEGG等,对结果进行分析验证.结果表明,基于MeSH主题词的文献挖掘方法,避免传统“共现”方法对发现潜在关系的限制和复杂语义分析带来的大量计算,为生物实体之间潜在关系的挖掘提供一种新的思路和方法.
文献挖掘、定量分析、关系挖掘、结直肠癌、PubMed、MeSH
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国家自然科学基金31100592,国家高技术研究发展计划8632012AA02A601和国家科技重大专项2013ZX03005012资助项目.This work was supported by grants from The National Natural Science Foundation of China31100592,Hi-Tech Research and Development Program of China 2012AA02A601 and National Science and Technology Major Project of China2013ZX03005012.
2015-09-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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