基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别

摘要：

复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组成信息构建复杂的蛋白质-通路网.然后,基于表达谱数据,通过随机游走算法从全局层面优化疾病风险通路.最终,通过扰动方式识别统计学显著的风险通路.将该网络运用于结肠直肠癌风险通路识别,识别出15个与结肠直肠癌发生与发展过程显著相关的通路.通过与其他通路识别方法(超几何检验,SPIA)相比较,该方法能够更有效识别出疾病相关的风险通路.

关键词：风险通路、蛋白质-通路网、蛋白质互作、随机游走

所属期刊栏目：42

分类号：R318.04;Q811.4;R735.3(医用一般科学)

资助基金：国家自然科学基金31200996,黑龙江省教育厅项目12531295和哈尔滨医科大学于维汉院士杰出青年培养基金资助.This work was supported by grants from The National Natural Science Foundation of China31200996,The Education Department Project of Heilongjiang Province 12531295,and Yu Weihan Outstanding Youth Training Fund of Harbin Medical University.

在线出版日期：2015-04-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：286-296