一种在格点模型上模拟蛋白质折叠结构的优化算法

摘要：

蛋白质折叠问题是生物信息学中一个经典的多项式复杂程度的非确定性(non-deterministic polynomial,NP)难度问题.势能曲面变平法(ELP)是一种启发式的全局优化算法.通过对ELP方法中的直方图函数提出一种新的更新机制,并将基于贪心策略的初始构象的产生,基于牵引移动的邻域搜索策略与ELP方法相结合,为面心立方体(FCC)格点模型的蛋白质折叠问题提出一种改进的势能曲面变平(ELP+)算法.采用文献中9条常用序列作为测试集.对于每条序列,ELP+算法均能找到与文献中的算法所得到的最低能量相等或更低的能量.实验结果表明,ELP+算法是求解FCC格点模型的蛋白质折叠问题的一种有效算法.

关键词：蛋白质折叠问题、势能曲面变平法、牵引移动、FCC格点模型

所属期刊栏目：41

分类号：TP301.6;Q811.4;TP24

在线出版日期：2014-08-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：712-718