无标记microRNA芯片分析方法的建立与优化

摘要：

MicroRNAs(miRNAs)是生物体内源的一类非编码小分子RNA,它与癌症的发生息息相关,是一个有潜质的生物标志物,细胞的发育、分化、增殖、凋亡都与miRNAs调控有关.miRNAs研究中关键环节是其表达谱的分析,用芯片分析miRNAs表达谱,通常要在杂交前对样品进行分离、标记、纯化,这是整个检测过程中最耗时耗力、费用昂贵的一个步骤,且在此过程中由于酶的使用及步骤的增加还可能改变样品中目标序列的初始比例,影响实验结果的可靠性.为解决这些问题,作者建立了一种新型的“无标记microRNA芯片分析”方法,该技术基于堆积杂交(stacking hybridization)原理,引入一段预先标记荧光的通用标签序列(universal tag,UT),因而被命名为SHUT检测方法.本文主要对SHUT assay的整个实验过程进行了系统优化,并对其灵敏度和特异性等相关指标进行了评价.实验结果表明:该新型芯片技术检测灵敏度可达2 fmol/L,不但可以区分只有1个碱基差异的miRNAs家族成员,还可以有效排除非活性pri-miRNA与pre-miRNA前体的交叉杂交信号,而且100 ng的总RNA即可用于检测分析；该新型芯片技术对于miRNAs及其他短链核酸分子的检测分析是一个理想快速的检测平台.

关键词：堆积杂交、通用标签、microRNAs芯片、表达谱

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资助基金：国家自然科学基金31270908;中国博士后科学基金2012M510049,20110491461;中国科学院王宽诚博士后工作奖励基金,江苏省自然科学基金BK2011361;江苏省博士后科学基金1101052C

在线出版日期：2013-07-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：479-489